Hola,

Lo suyo es que primero te asegures que los enlaces te funcionen bien sin las URLs amigables y que luego mires de configurar las URLs amigables (de otro modo, el lio está armado)

Te recomiendo, para evitar buscar el problema donde ya no lo hay, que te descargues e instales la última versión estable tanto del CMS como de esa plantilla.
En ocasiones, las plantillas se lanzan con algunos bugs que se corrigen posteriormente o bien advirtiéndolo desde los "foros de autor", o, con una nueva liberación ajustada a la última versión estable del CMS en ese momento.
Prueba y dinos cosas, si, con solo actualizar el software, se ha solucionado el problema.
Si todo se resume a que instalaste una plantilla que luego "borraste a mano", pues entonces, la mejor solución es usar el "instlador/desinstalador" de plantillas (o de lo que sea)
Espero te pueda servir.